Ja, solche Fälle sind dokumentiert. Wenn ein Tornado über ein Gewässer zieht, können mit dem Wasser auch viele Fische förmlich aufgesogen werden. Sie fallen mit dem Weiterzug des Tornados an anderer Stelle wieder zu Boden, wo dann der "Fischregen" auftritt. U.a. folgende Fälle sind aus Deutschland bekannt:

"Der so genannte "Crivitzer Fischregen" ereignete sich anno 1792. Angeblich soll eine "Windsbraut" über Crivitz getobt und eine Wasserhose Fische aus dem See gehoben haben, in den Gärten und Gassen blieben dann nach Abflauen des Windes die Fische liegen ..." (Quelle: 750 Jahre Crivitz)
Auch die Schweriner Volkszeitung berichtet am 26.09.2006 über das Ereignis: "Zu den bekanntesten Geschichten, die sich der Volksmund in Crivitz erzählt, gehört jene vom Fischregen. Im September des Jahres 1792 soll sich nach einem regenreichen Vormittag eine ungewöhnliche, dunkle Wolke gebildet haben – in Form eines Trichters. Diese Windhose deckte Wohnhäuser und Scheunen ab, entwurzelte Bäume. Über dem See nahm die Windhose so viel Wasser auf, so dass der Grund zu sehen gewesen sein soll. Diese Wassermengen wurden auf den Plätzen, in den Gassen und Gärten der Stadt fallen gelassen – dabei regnete es Fische vom Himmel."

Aus einer Meldung des Cuxhavener Tageblattes vom 06.10.1852:: "Dergleichen Windhose oder Wirbelwolken kommen hier selten vor;doch erinnere ich mich hiebei der Erzählung eines alten Mannes, wonach in seiner Knabenzeit etwa im dritten Viertel des vorigen Jahrhunderts im Kirchspiele Menslage eine ähnliche Windhose bemerkt worden. Dieselbe soll damals einen Schäfer in seinem großen grauen Mantel eine Strecke Weges mit sich fortgetragen, dann einige Fuder Heu von einer Wiese in sich aufgenommen und zuletzt in eine Wasserhose sich verwandelnd, den ganzen Fischteich eines Bauern mit vielen schönen Karpfen in seinem Strudel hineingesogen und ganz ausgeleert haben. Diese Waserhose ist später auf der Wiese eines anderen Bauern geplatzt, der dann die Fische aufgesammelt und verkauft habe. Hieraus soll ein langjähriger kostspieliger Proceß des Fischteichbesitzers gegen den sonderbaren Fischfänger entstanden sein. Auch soll im vorigen Jahrhundert durch einen Wirbelwind an einem Sonntage während der Frühkirche zu Quakenbrück ein großer Hecht durch den Schornstein eines Hauses auf den Herd geworfen sein. (Osn.-B.-Bl.)"

Weiterer Fall aus Repsolt bei Jever in Ostfriesland aus dem Jahr 1821: "Bei Jever. - Nach dem Berichte des Professors Wolke, in Gilberts "Annalen der Physik" (Bd. 70. S. 109), hat ihm einst ein Landprediger versichert, er habe zu Repsolt, drei Meilen von der See, eine Windhose nicht weit von sich vorüber ziehen sehen, die einen Weiher (aus welchem sie wahrscheinlich entsprungen war) fast wasserleer gemacht, und die Fische desselben auf das Land umhergestreuet hatte." (Quelle: Samuel Christoph Wagener: Das Leben des Erdballs und aller Welten - Neue Umsichten und Folgerungen aus Thatsachen: allen Erforschern und Sinnigen Freunden der Natur. Amelang, Berlin, 760 S.)