Datum nicht bekannt, Jahr 1999 - Nach einer Meldung des Südkuriers vom 15.04.05 soll sechs Jahre zuvor eine Windhose aufgetreten sein: "..."gute und lausige sechs Monate" mit dem Kioskgeschäft. Sechs Einbrüche trugen zur Schmälerung des Gewinns bei. Zudem verwüstete vor sechs[...]
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"In Teilen von Unterfranken hat es Windhosen mit erheblichen Sachschäden gegeben." (Quelle: Wetterzentrale)

Schnelläufer rast auf Mitte Deutschlands zu (Wetterzentrale)

Mehrere Gebäude bei Haren an der Ems wurden zum Teil erheblich beschädigt.

Trombe im Emsland? (Wetterzentrale)
Berichte über Großtromben in Deutschland 1999 (Mark Vornhusen)

"Gegen Mittag soll es vor der Ostküste Rügens eine Wasserhose zwischen Binz und Sellin gegeben haben." (Bericht von Thilo Kühne)
"tagsüber vor Rügen, zwischen Binz und Sellin. War mehrere Minuten sichtbar. Wahrscheinlich keine Landberührung. Trombe wurde auf Video[...]
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Meldung einer Funnelcloud durch den dänischen Wetterdienst.

Datum nicht bekannt, Monat September 1999 - Aus einer Meldung der Schwäbische Zeitung vom 24.06.08: "Im Raum Geislingen wurde zuletzt Ende September 1999 eine solche örtlich sehr eng begrenzte Windhose bekannt: Am Türkheimer Ortsrand in Richtung Wittingen waren dort sechs Obstbäume[...]
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Zeitpunkt: ca. 17:45 Uhr MEZ. "Hatte vermutlich keine Bodenberührung. Passanten sahen den etwa 100-300m langen Wolkenschlauch u.a. von der Brücke am Pferdemarkt aus. Die Trombe bewegte sich ca. 5 min. nach Osten Richtung Elsfleth." (Quelle: Mark Vornhusen)

Berichte über Großtromben in Deutschland 1999 (Mark Vornhusen)

Mehrere Häuser wurden beschädigt und die Stormversorgung unterbrochen, als gegen 17 Uhr der Tornado über die Gemeinde bei Backnang hinwegfegte (Quelle: Feuerwehr Leutenbach).

Datum nicht bekannt, Monat August 1999 - "Windhose rollte Strohrundballen bis zu 500m weit weg, Kronen von Bäumen abgedreht, Schneise ca. 150m breit und 2km lang." (Quelle: Mark Vornhusen)

Berichte über Großtromben in Deutschland 1999 (Mark Vornhusen)

Datum nicht bekannt, Sommer 1999, wahrscheinlich im August - Nach einem Bericht von Karl Wisseroth, Ludwigshafen, 2000, richtete dieser Tornado am Nachmittag in einer etwa 20 Meter breiten Schneise von West nach Ost Schäden an.